Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur.
Dersin İçeriği
Bu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar.
10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5
A, F
Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller.
10, 12, 13, 16, 2, 4, 5
A, F
Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar.
10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5
A, F
Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır.
10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5
A, E, F
Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder.
10, 11, 12, 16, 20, 3, 4
F
Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder.
10, 12, 13, 16, 19, 2, 20
F
Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır.
11, 14, 4, 6
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
2
Protein Yapı Motifleri
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
3
Alfa-Domain Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
4
Alfa-Beta Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
5
Beta Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
6
Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
7
DNA yapısı
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
8
Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
9
Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
10
Membran proteinleri
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
11
Sinyal Transdüksiyonu
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
12
Fibröz Proteinler
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
13
Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
14
Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
Kaynak
Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir.
X
2
Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır.
X
3
Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir.
X
4
Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar.
X
5
Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur.
X
6
Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır.
X
7
Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır
X
9
Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar.
X
10
Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler.
X
Değerlendirme Sistemi
Katkı Düzeyi
Mutlak Değerlendirme
Ara Sınavın Başarıya Oranı
50
Genel Sınavın Başarıya Oranı
50
Toplam
100
AKTS / İşyükü Tablosu
Etkinlik
Sayı
Süresi (Saat)
Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Saati
14
3
42
Rehberli Problem Çözme
5
3
15
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi
2
30
60
Okul Dışı Diğer Faaliyetler
0
0
0
Proje Sunumu / Seminer
1
30
30
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı
0
0
0
Ara Sınav ve Hazırlığı
13
3
39
Genel Sınav ve Hazırlığı
13
3
39
Performans Görevi, Bakım Planı
0
0
0
Toplam İş Yükü (Saat)
225
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(225/30)
8
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır.
Dersin Detaylı Bilgileri
Ders Tanımı
Ders
Kodu
Yarıyıl
T+U Saat
Kredi
AKTS
PROTEİN : YAPI VE FONKSİYON İLİŞ. İLERİ KONULAR
SSMD2161480
Güz Dönemi
3+0
3
8
Ders Programı
Salı 12:00-12:45
Salı 13:30-14:15
Salı 14:30-15:15
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili
Türkçe
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Türü
Programa Bağlı Seçmeli
Dersin Koordinatörü
Doç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersi Verenler
Doç.Dr. Özge ŞENSOY
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur.
Dersin İçeriği
Bu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir.
Dersin Öğrenme Kazanımları
Öğretim Yöntemleri
Ölçme Yöntemleri
Protein yapı, dinamik ve fonksiyon arasında ilişki kurar.
10, 12, 14, 16, 19, 2, 20, 5
A, F
Verilen bir fonksiyon için protein yapısı modeller.
10, 12, 13, 16, 2, 4, 5
A, F
Proteinlerin yapı ve fonksiyonunda meydana gelen problemler ile ilgili hastalık oluşumu arasında neden-sonuç ilişkisi kurar.
10, 12, 13, 16, 19, 2, 20, 3, 5
A, F
Protein modellenmesinde kullanılan programları kullanır.
10, 12, 13, 16, 2, 20, 3, 5
A, E, F
Biyoteknolojik alanda kullanılabilen yeni proteinler dizayn eder.
10, 11, 12, 16, 20, 3, 4
F
Elde ettiği bilgi birikimi sayesinde var olan enzim fonksiyonlarını geliştirebilecek şekilde dizayn eder.
10, 12, 13, 16, 19, 2, 20
F
Protein veri bankasını yetkin bir şekilde kullanır.
11, 14, 4, 6
Öğretim Yöntemleri:
10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 12: Problem Çözme Yöntemi, 13: Örnek Olay Yöntemi, 14: Bireysel Çalışma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 2: Proje Temelli Öğrenme Modeli, 20: Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, 3: Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, 4: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, 5: İşbirlikli Öğrenme Modeli, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli
Ölçme Yöntemleri:
A: Klasik Yazılı Sınav, E: Ödev, F: Proje Görevi
Ders Akışı
Sıra
Konular
Ön Hazırlık
1
Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
2
Protein Yapı Motifleri
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
3
Alfa-Domain Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
4
Alfa-Beta Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
5
Beta Yapıları
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
6
Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
7
DNA yapısı
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
8
Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
9
Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
10
Membran proteinleri
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
11
Sinyal Transdüksiyonu
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
12
Fibröz Proteinler
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
13
Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
14
Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini
Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.
Kaynak
Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
No
Program Yeterliliği
Katkı Düzeyi
1
2
3
4
5
1
Temel bilimleri, matematik ve mühendislik bilimlerini üst düzeyde anlar ve uygular, alanında en son gelişmeler dahil olmak üzere genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir.
X
2
Mühendisliğin ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar, yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır.
X
3
Bir alanda en yeni bilgilere ulaşır ve bunları kavrayarak araştırma yapabilmek için gerekli yöntem ve becerilerde üst düzeyde yeterliğe sahiptir.
X
4
Bilime veya teknolojiye yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem veya teknolojik ürün/süreç geliştiren ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan kapsamlı bir çalışma yapar.
X
5
Akademik çalışmalarının çıktılarını saygın akademik ortamlarda yayınlayarak bilim ve teknoloji literatürüne katkıda bulunur.
X
6
Bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel gelişmeleri değerlendirerek bilimsel tarafsızlık ve etik sorumluluk bilinciyle topluma aktarır.
X
7
Özgün bir araştırma sürecini bağımsız olarak algılar, tasarlar, uygular ve sonuçlandırır; bu süreci yönetir.
X
8
Bilimsel bilgi birikimini yazılı ve sözlü olarak etkin bir şekilde ifade eder, en az bir yabancı dilde Avrupa Dil Portföyü C1 Genel Düzeyinde iletişim kurar ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır
X
9
Uzmanlık alanındaki fikirlerin ve gelişmelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar.
X
10
Mühendislik alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtır, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunur ve toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlerin gelişimini destekler.