Ders Detayı
Ders Tanımı
Ders | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
---|---|---|---|---|---|
İLERİ BİYOKİMYA II | BYKD2229530 | Bahar Dönemi | 2+0 | 2 | 6 |
Ders Programı |
Ön Koşul Dersleri | |
Önerilen Seçmeli Dersler |
Dersin Dili | Türkçe |
Dersin Seviyesi | Doktora |
Dersin Türü | Programa Bağlı Seçmeli |
Dersin Koordinatörü | |
Dersi Verenler | Prof.Dr. Neslin EMEKLİ, Prof.Dr. Türkan YİĞİTBAŞI, Doç.Dr. Sultan Sibel ERDEM, Dr.Öğr.Üye. Gözde ÜLFER, Dr.Öğr.Üye. Çağrı ÇAKICI, Dr.Öğr.Üye. Derya CANSIZ |
Dersin Yardımcıları | |
Dersin Amacı | Hücrede gerçekleşen reaksiyonlardaki proteinleri detaylı ve ileri teknolojiler ışığında değerlendirmek |
Dersin İçeriği | Bu ders; Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri,Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri,Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri,Sinyal iletimi,Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri,Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu,Protein komplekslerinin karakterizasyonu,Proteinlerin fosforilasyon mekanizması,Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi,Kişisel tıpta proteomiksin anlamı,Bioinformatiğin biyokimyada önemi; konularını içermektedir. |
Dersin Öğrenme Kazanımları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
1-Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.4.Früktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.5.Galaktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2- Lipid metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.2.Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen düşük dansiteli lipoproteinleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.3.HDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.4.LDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
3-Protein sentezindeki proteinler ve özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
4-Nükleik asit metabolizmasındaki proteinler ve özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5-Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.3.Kanama diyatezine neden olan proteinleri kimyasal ya da biyoteknolojik yöntemlerle analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6-Arteryal dokuda yer alan proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.3.Kardiovasküler hastalıklarda endotelden salınan proteinlerin önemini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.4.Bu sistemlerde rol oynayan proteinleri iki dimensiyonlu elektroforez, nano likid kromatografi, nLC-MS/MS yöntemleri ile değerlendirmenin anlamını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7-Sinyal iletimini sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.1.Sinyal moleküllerinin genel özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.5.Endokrin, parakrin ve otokrin etkileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8- Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerini sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.1.Membran proteinlerin tanıma, sinyal iletme, taşıma, hücre yapısını koruma görevlerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.2.Çeşitli patolojilerde değişebilen sitozol proteinlerinin proteomunu açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.3.Sitozol ve membran proteinlerinin çeşitli proteomiks yaklaşımları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.4.Hücrenin nukleus ve diğer organellerinin membran ve sitozol proteinlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.5.Membran ve sitozoldeki proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonlarını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9- Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonunu sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10- Protein komplekslerinin karakterizasyonunu sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11- Proteinlerin fosforilasyon mekanizmasını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12-Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13-Kişisel tıpta proteomiksin anlamı sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14-Bioinformatiğin biyokimyada önemi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.1. Glikojen yapım ve yıkımındaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.2. Glikoliz yolundaki proteinlerin özelliklerini ve hemolitik anemileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.3. Pentoz fosfat yolundaki proteinlerin özelliklerini ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.1. Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen yüksek dansiteli lipoprotenleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.5. Lipid metabolizmasında etkin olan bu lipoproteinleri tedaviye yönelik sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.1. Koagulasyon proteinlerinin trombus gelişiminde ve kanama diyatezindeki rolünü açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.2. Trombus gelişiminde etkin olan plazma proteinlerini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.4. Bu proteinlerin etki mekanizmasını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.1. Kardiovasküler, serebrovasküler ve periferik damar hastalıklarına neden olan mekanizmayı açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.2. Kardiovasküler hastalıklarda plazma proteinlerinin önemini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.5. Aterosklerozun altında yatan mekanizmayı sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.2. Hedef hücre reseptörlerini, hücresel cevabı, nörotransmitterlerin özelliklerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.3. Endokrin sistemdeki hormonların, immun sistemdeki sitokinlerin ve diğer sinyal moleküllerin özelliklerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.4. Reseptör ve hedef hücre cevabı arasındaki ilişkiyi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.6. Önemli plazma membran reseptörlerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.7. Hedef hücre cevabındaki tirozin kinaz reseptörleri, RAS ve eMAP kinaz yolu, fosfotidil inozitol fosfat, insülin reseptör, JAK-STAT reseptörleri, serin-treonin kinaz, hepahelikal reseptörler…gibi çeşitli yolları tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.6. LC-MS/MS ile membran ve sitozolik proteinleri analiz eder ve tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.1. Farklı posttrasnlasyonel modifikasyonları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.2. Hücre içi posttranslasyonel modifikasyon mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.3. Posttranslasyonel modifikasyonların amacını ve protein üzerindeki etkisini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.4. Bu modifikasyonların kalitatif ve kantitatif analizini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.5. posttranslasyonel modifikasyonların hücre içi etkisini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.1. Protein komplekslerinin oluşum mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.2. Protein-protein etkileşimlerini analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.3. Protein analizleri için gerekli analitik yöntemleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.4. Protein-protein etkileşiminin kinetiğini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.5. Protein komplekslerinin analizindeki ileri yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.1. Fosforilasyonun biyolojik anlamını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.2. Protein fosforilasyon mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.3. Fosforilasyonların nasıl analiz edilebileceğini gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.4. Hücre içi sinyal iletiyi analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.5. Analiz için gerekli yazılımları ve donanımları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.1. Biyobelirteç keşfini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.2. Hastalık mekanizmalarında proteomiksin yerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.3. Numune hazırlama ve analiz yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.4. Biyobelirteç keşfinde istatistiğin önemini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.5. Mevcut teknolojinin sınırlarını ve eksiklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.1. kişiye özgü ilaç gelirtirmede proteomiksin yerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.2. Farklı analiz yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.3. Hastalığa göre gerekli deneysel yöntemi ve yorumlamayı gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.4. Kişisel tıpta proteomiksin potansiyelini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.5. Verilerini nasıl anlamlaştıracağını yorumlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.1. Karmaşık yolak analizlerini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.2. Farklı omik yaklaşımları ve birlikte kullanmayı gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.3. Biyoinformatiğin sağlayabileceği bilgileri sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.4. Moleküler düzeyde analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.5. Biyoinformatikte kullanılan yöntemleri ve yazılımları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
Öğretim Yöntemleri: | 10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi |
Ölçme Yöntemleri: | A: Klasik Yazılı Sınav, D: Sözlü Sınav, E: Ödev |
Ders Akışı
Sıra | Konular | Ön Hazırlık |
---|---|---|
1 | Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
2 | Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
3 | Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
4 | Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
5 | Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
6 | Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
7 | Sinyal iletimi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
8 | Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
9 | Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
10 | Protein komplekslerinin karakterizasyonu | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
11 | Proteinlerin fosforilasyon mekanizması | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
12 | Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
13 | Kişisel tıpta proteomiksin anlamı | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
14 | Bioinformatiğin biyokimyada önemi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
Kaynak |
1) Vascular Proteomics/Methods and protokols Ed.Fernando Vivanco Humana Pres 2013 2) Timothy D. Veenstra. Proteomic Applications in Cancer Detection and Discovery, Wiley&Sons Inc,New Jersey, 2013 3) Lieberman M, Marks AD. Marks’ Basic medical biochemistry 3. Baskı, Lippincott Williams&Wilkins, 2010. 4) Bishop ML, Fody EP,Schoeff LE. Clinical Chemistry 7.Baskı,s.323-334. Lippincott, 2013. 5) Henry’s Clinical Diagnosisand Management by Laboratory Method,.22.Baskı,Eds.Pherson RA, Pincus MR,Elsevier-Saunders, 2011. 6) Harper Biochemistry (Last Edition) |
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı | |||||||
No | Program Yeterliliği | Katkı Düzeyi | |||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
1 | Hücre ve vücut sıvılarında bulunan makro ve mikromolekülleri ileri düzeyde tanımlar. | X | |||||
2 | Analiz edilecek materyalın nasıl saklanacağını, korunacağını bilir. | X | |||||
3 | Hücre ve vücut sıvılarında bulunan moleküllerin nasıl tanımlanabileceğini bilir . | X | |||||
4 | Rutin ve araştırma amaçlı kullanılacak teknolojilerin prensiplerini bilir. | X | |||||
5 | Çalışma sonuçlarını nasıl değerlendireceğini bilir, yorumlar ve sorgular. | X | |||||
6 | Alana özgü araç ve gereçlerin nasıl kullanılacağını bilir | X | |||||
7 | Alana özgü kaynak ve bilgilere nasıl ulaşacağını ve nasıl yorumlanacağını bilir | X | |||||
8 | Alanla ilgili disiplinlerle bilgi paylaşımı yapar | X | |||||
9 | Kuramsal ve olgusal bilgilerini, eleştirisel düşünceleri ile birleştirerek bağımsız çalışma yapar, sonuçlarını değerlendirir, literatür bilgileri ile karşılaştırır, yazar ve bilimsel dergilere kabul ettirir. | X | |||||
10 | Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer, nereden yardım alması gerektiğini bilir. | X | |||||
11 | Ortak bilimsel çalışmalarda sorumluluk alır, katkıda bulunur ve uyum içinde çalışır. | X | |||||
12 | Biyokimya alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, konferanslar verir, çalışmalarını alan özgü itibarlı dergilerde yayınlar | X | |||||
13 | Biyokimya alanı ile ilgili verileri toplar, yorumlar, uygular, duyurur, , toplumsal kültürel çalışmalarda bulunur, bu çalışmaları bilimsel ve sosyal anlamda denetleyebilir. | X | |||||
14 | Yönetim aktivitelerinde bulunabilir, elde ettiği sonuçları kaliteyi yükseltmek için değerlendirebilir. | X |
Değerlendirme Sistemi
Katkı Düzeyi | Mutlak Değerlendirme | |
Ara Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
Genel Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
Toplam | 100 |
AKTS / İşyükü Tablosu | ||||||
Etkinlik | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) | |||
Ders Saati | 14 | 2 | 28 | |||
Rehberli Problem Çözme | 14 | 4 | 56 | |||
Problem Çözümü / Ödev / Proje / Rapor Tanzimi | 0 | 0 | 0 | |||
Okul Dışı Diğer Faaliyetler | 2 | 5 | 10 | |||
Proje Sunumu / Seminer | 2 | 4 | 8 | |||
Kısa Sınav (QUİZ) ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 | |||
Ara Sınav ve Hazırlığı | 1 | 30 | 30 | |||
Genel Sınav ve Hazırlığı | 1 | 35 | 35 | |||
Performans Görevi, Bakım Planı | 0 | 0 | 0 | |||
Toplam İş Yükü (Saat) | 167 | |||||
Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat)/30*=(167/30) | 6 | |||||
Dersin AKTS Kredisi: *30 saatlik çalışma 1 AKTS kredisi sayılmaktadır. |
Dersin Detaylı Bilgileri
Ders Tanımı
Ders | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
---|---|---|---|---|---|
İLERİ BİYOKİMYA II | BYKD2229530 | Bahar Dönemi | 2+0 | 2 | 6 |
Ders Programı |
Ön Koşul Dersleri | |
Önerilen Seçmeli Dersler |
Dersin Dili | Türkçe |
Dersin Seviyesi | Doktora |
Dersin Türü | Programa Bağlı Seçmeli |
Dersin Koordinatörü | |
Dersi Verenler | Prof.Dr. Neslin EMEKLİ, Prof.Dr. Türkan YİĞİTBAŞI, Doç.Dr. Sultan Sibel ERDEM, Dr.Öğr.Üye. Gözde ÜLFER, Dr.Öğr.Üye. Çağrı ÇAKICI, Dr.Öğr.Üye. Derya CANSIZ |
Dersin Yardımcıları | |
Dersin Amacı | Hücrede gerçekleşen reaksiyonlardaki proteinleri detaylı ve ileri teknolojiler ışığında değerlendirmek |
Dersin İçeriği | Bu ders; Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri,Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri,Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri,Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri,Sinyal iletimi,Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri,Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu,Protein komplekslerinin karakterizasyonu,Proteinlerin fosforilasyon mekanizması,Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi,Kişisel tıpta proteomiksin anlamı,Bioinformatiğin biyokimyada önemi; konularını içermektedir. |
Dersin Öğrenme Kazanımları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
1-Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.4.Früktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.5.Galaktozun metabolik yolundaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2- Lipid metabolizmasındaki proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.2.Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen düşük dansiteli lipoproteinleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.3.HDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.4.LDL ile ilgili LC-MC teknikleri ile yapılan araştırmaları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
3-Protein sentezindeki proteinler ve özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
4-Nükleik asit metabolizmasındaki proteinler ve özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5-Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.3.Kanama diyatezine neden olan proteinleri kimyasal ya da biyoteknolojik yöntemlerle analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6-Arteryal dokuda yer alan proteinleri sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.3.Kardiovasküler hastalıklarda endotelden salınan proteinlerin önemini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.4.Bu sistemlerde rol oynayan proteinleri iki dimensiyonlu elektroforez, nano likid kromatografi, nLC-MS/MS yöntemleri ile değerlendirmenin anlamını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7-Sinyal iletimini sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.1.Sinyal moleküllerinin genel özelliklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.5.Endokrin, parakrin ve otokrin etkileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8- Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerini sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.1.Membran proteinlerin tanıma, sinyal iletme, taşıma, hücre yapısını koruma görevlerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.2.Çeşitli patolojilerde değişebilen sitozol proteinlerinin proteomunu açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.3.Sitozol ve membran proteinlerinin çeşitli proteomiks yaklaşımları sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.4.Hücrenin nukleus ve diğer organellerinin membran ve sitozol proteinlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.5.Membran ve sitozoldeki proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonlarını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9- Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonunu sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10- Protein komplekslerinin karakterizasyonunu sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11- Proteinlerin fosforilasyon mekanizmasını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12-Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13-Kişisel tıpta proteomiksin anlamı sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14-Bioinformatiğin biyokimyada önemi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.1. Glikojen yapım ve yıkımındaki proteinleri ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.2. Glikoliz yolundaki proteinlerin özelliklerini ve hemolitik anemileri tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
1.3. Pentoz fosfat yolundaki proteinlerin özelliklerini ve patolojilerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.1. Ateroskleroz gelişimini önlediği düşünülen yüksek dansiteli lipoprotenleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
2.5. Lipid metabolizmasında etkin olan bu lipoproteinleri tedaviye yönelik sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.1. Koagulasyon proteinlerinin trombus gelişiminde ve kanama diyatezindeki rolünü açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.2. Trombus gelişiminde etkin olan plazma proteinlerini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
5.4. Bu proteinlerin etki mekanizmasını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.1. Kardiovasküler, serebrovasküler ve periferik damar hastalıklarına neden olan mekanizmayı açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.2. Kardiovasküler hastalıklarda plazma proteinlerinin önemini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
6.5. Aterosklerozun altında yatan mekanizmayı sorgulayabilir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.2. Hedef hücre reseptörlerini, hücresel cevabı, nörotransmitterlerin özelliklerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.3. Endokrin sistemdeki hormonların, immun sistemdeki sitokinlerin ve diğer sinyal moleküllerin özelliklerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.4. Reseptör ve hedef hücre cevabı arasındaki ilişkiyi sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.6. Önemli plazma membran reseptörlerini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
7.7. Hedef hücre cevabındaki tirozin kinaz reseptörleri, RAS ve eMAP kinaz yolu, fosfotidil inozitol fosfat, insülin reseptör, JAK-STAT reseptörleri, serin-treonin kinaz, hepahelikal reseptörler…gibi çeşitli yolları tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
8.6. LC-MS/MS ile membran ve sitozolik proteinleri analiz eder ve tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.1. Farklı posttrasnlasyonel modifikasyonları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.2. Hücre içi posttranslasyonel modifikasyon mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.3. Posttranslasyonel modifikasyonların amacını ve protein üzerindeki etkisini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.4. Bu modifikasyonların kalitatif ve kantitatif analizini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
9.5. posttranslasyonel modifikasyonların hücre içi etkisini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.1. Protein komplekslerinin oluşum mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.2. Protein-protein etkileşimlerini analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.3. Protein analizleri için gerekli analitik yöntemleri açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.4. Protein-protein etkileşiminin kinetiğini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
10.5. Protein komplekslerinin analizindeki ileri yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.1. Fosforilasyonun biyolojik anlamını sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.2. Protein fosforilasyon mekanizmalarını açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.3. Fosforilasyonların nasıl analiz edilebileceğini gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.4. Hücre içi sinyal iletiyi analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
11.5. Analiz için gerekli yazılımları ve donanımları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.1. Biyobelirteç keşfini tanımlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.2. Hastalık mekanizmalarında proteomiksin yerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.3. Numune hazırlama ve analiz yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.4. Biyobelirteç keşfinde istatistiğin önemini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
12.5. Mevcut teknolojinin sınırlarını ve eksiklerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.1. kişiye özgü ilaç gelirtirmede proteomiksin yerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.2. Farklı analiz yöntemlerini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.3. Hastalığa göre gerekli deneysel yöntemi ve yorumlamayı gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.4. Kişisel tıpta proteomiksin potansiyelini açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
13.5. Verilerini nasıl anlamlaştıracağını yorumlar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.1. Karmaşık yolak analizlerini sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.2. Farklı omik yaklaşımları ve birlikte kullanmayı gösterir. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.3. Biyoinformatiğin sağlayabileceği bilgileri sorgular. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.4. Moleküler düzeyde analiz eder. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
14.5. Biyoinformatikte kullanılan yöntemleri ve yazılımları açıklar. | 10, 11, 16, 19, 6, 9 | A, D, E |
Öğretim Yöntemleri: | 10: Tartışma Yöntemi, 11: Gösterip Yapma Yöntemi, 16: Soru - Cevap Tekniği , 19: Beyin Fırtınası Tekniği, 6: Deneyimle Öğrenme Modeli, 9: Anlatım Yöntemi |
Ölçme Yöntemleri: | A: Klasik Yazılı Sınav, D: Sözlü Sınav, E: Ödev |
Ders Akışı
Sıra | Konular | Ön Hazırlık |
---|---|---|
1 | Karbonhidrat metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
2 | Lipid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
3 | Protein sentezindeki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
4 | Nükleik asid metabolizmasındaki proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
5 | Koagulasyon ve inflamasyon sisteminde yer alan proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
6 | Arteryal dokuda yer alan proteinler ve özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
7 | Sinyal iletimi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
8 | Hücre membranı ve sitosoldeki proteinlerin özellikleri | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
9 | Proteinlerin posttranslasyonal modifikasyonu | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
10 | Protein komplekslerinin karakterizasyonu | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
11 | Proteinlerin fosforilasyon mekanizması | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
12 | Teşhis ve tedavi anlamında proteomiksin önemi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
13 | Kişisel tıpta proteomiksin anlamı | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
14 | Bioinformatiğin biyokimyada önemi | 1, 2, 3, 4, 5, 6 |
Kaynak |
1) Vascular Proteomics/Methods and protokols Ed.Fernando Vivanco Humana Pres 2013 2) Timothy D. Veenstra. Proteomic Applications in Cancer Detection and Discovery, Wiley&Sons Inc,New Jersey, 2013 3) Lieberman M, Marks AD. Marks’ Basic medical biochemistry 3. Baskı, Lippincott Williams&Wilkins, 2010. 4) Bishop ML, Fody EP,Schoeff LE. Clinical Chemistry 7.Baskı,s.323-334. Lippincott, 2013. 5) Henry’s Clinical Diagnosisand Management by Laboratory Method,.22.Baskı,Eds.Pherson RA, Pincus MR,Elsevier-Saunders, 2011. 6) Harper Biochemistry (Last Edition) |
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı
Dersin Program Yeterliliklerine Katkısı | |||||||
No | Program Yeterliliği | Katkı Düzeyi | |||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
1 | Hücre ve vücut sıvılarında bulunan makro ve mikromolekülleri ileri düzeyde tanımlar. | X | |||||
2 | Analiz edilecek materyalın nasıl saklanacağını, korunacağını bilir. | X | |||||
3 | Hücre ve vücut sıvılarında bulunan moleküllerin nasıl tanımlanabileceğini bilir . | X | |||||
4 | Rutin ve araştırma amaçlı kullanılacak teknolojilerin prensiplerini bilir. | X | |||||
5 | Çalışma sonuçlarını nasıl değerlendireceğini bilir, yorumlar ve sorgular. | X | |||||
6 | Alana özgü araç ve gereçlerin nasıl kullanılacağını bilir | X | |||||
7 | Alana özgü kaynak ve bilgilere nasıl ulaşacağını ve nasıl yorumlanacağını bilir | X | |||||
8 | Alanla ilgili disiplinlerle bilgi paylaşımı yapar | X | |||||
9 | Kuramsal ve olgusal bilgilerini, eleştirisel düşünceleri ile birleştirerek bağımsız çalışma yapar, sonuçlarını değerlendirir, literatür bilgileri ile karşılaştırır, yazar ve bilimsel dergilere kabul ettirir. | X | |||||
10 | Bilimsel ve teknik bir sorunu çözer, nereden yardım alması gerektiğini bilir. | X | |||||
11 | Ortak bilimsel çalışmalarda sorumluluk alır, katkıda bulunur ve uyum içinde çalışır. | X | |||||
12 | Biyokimya alanı ile ilgili toplantılara katılır, bildiri sunar, tartışmalara katılır, konferanslar verir, çalışmalarını alan özgü itibarlı dergilerde yayınlar | X | |||||
13 | Biyokimya alanı ile ilgili verileri toplar, yorumlar, uygular, duyurur, , toplumsal kültürel çalışmalarda bulunur, bu çalışmaları bilimsel ve sosyal anlamda denetleyebilir. | X | |||||
14 | Yönetim aktivitelerinde bulunabilir, elde ettiği sonuçları kaliteyi yükseltmek için değerlendirebilir. | X |
Değerlendirme Sistemi
Katkı Düzeyi | Mutlak Değerlendirme | |
Ara Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
Genel Sınavın Başarıya Oranı | 50 | |
Toplam | 100 |